どんな企業でも売上があがれば、いずれ顧客に請求書を送ると思います。おそらく何かしらのシステムを使用してこういった請求業務を行っているとは思いますが、エクセル管理を行っている場合は下記のようなオープンソースの活用も始めるのがよいかもしれません。
【siwapp - Ruby on Rails製の請求書管理】
ちなみに、請求書のシステムを導入済みであっても、その業務自体が全てシステム化されていないというケースが多いのではと感じます。それは日本の法制度上、捺印が必要であったり原紙が必要となるためです。ただ、下記の記事のように、精算書類のペーパレス化の取り組みは進められていたりします。
【コンカーが一歩進めた「領収書の山」との戦い。ネックは日本固有の法制度】
http://enterprisezine.jp/article/detail/9609
下記は日本製の請求書管理オープンソースなのですが、システムで担当者印の画像を押せる機能があったりします。
【抹茶請求書】